館内には5つのテーマを説明するための岩石・化石を展示しています。
テーマは(1)大陸時代の岩石、(2)日本海ができる初期の岩石・化石、(3)日本海が海になったころの岩石・化石、(4)日本列島形成後の岩石・化石、(5)人類の世紀の岩石・火山灰に区分して順次展示しています。
それぞれのテーマに沿った説明や採集場所等については7枚の解説パネルで紹介し、中でも大型動物の足跡化石(レプリカ)は、この地層から発見された化石もあわせて紹介しています。
これらの他に、日本海の底引き網漁で採集された海底の岩盤から発見された貝化石やナウマンゾウの骨(歯)なども展示しています。また、エリア内で採集した火山灰や火山レキの他、日本各地の火山灰や火山砂なども展示しています。
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